Unfortunately yes, it does count, any travel in your home country will use one of your 2 allowed home country days.
If you need to use more than 2 days in Germany you will have to work out which is the cheapest to buy separate tickets for.
@i.brokof Wenn du mit einem ÖBB-Zug über das Deutsche Eck fährst, dann ist die erste Antwort falsch. Bei einer Fahrt von Vaduz nach Hallstatt ist das sehr wahrscheinlich der Fall.
Die Züge dürfen keinen Halt in Deutschland haben (mindestens Kufstein nach Salzburg (= Deutsches Eck) durchgehend). Dann kostet es keinen deiner Fahrttage im Heimatland, weil das als innerösterreichische Fahrt gilt.
Wenn du sichergehen willst, dann poste deine konkrete Verbindung. Grundsätzlich gilt das Gesagte für die Strecke Feldkirch - Innsbruck- Salzburg.
Aber auf jeden Fall ist die Stecke ohne inbound / outbound day möglich. Aber nicht in allen Zügen.